ANALISIS KOMPUTASIONAL INTERAKSI OLIGOMER KAPPA-KARAGENAN DENGAN PROTEIN G RESPIRATORY SYNCYTIAL VIRUS-A MENGGUNAKAN MOLECULAR DOCKING

Abstract

Respiratory Syncytial Virus (RSV) merupakan penyebab utama infeksi saluran pernapasan akut (ISPA) pada bayi dan anak-anak. Protein G pada RSV berperan dalam tahap awal infeksi sehingga menjadi target potensial pengembangan agen antiviral. Subtipe RSV-A dipilih karena lebih sering mendominasi dalam siklus tahunan penyebaran RSV. Kappa-karagenan adalah polisakarida sulfat dari alga merah, berpotensi menghambat penempelan virus melalui interaksi elektrostatik. Penelitian ini bertujuan menganalisis potensi oligomer kappa-karagenan alami dan tersulfasi sebagai kandidat antiviral terhadap protein G RSV-A secara komputasional menggunakan molecular docking. Struktur monomer, dimer, dan trimer kappa karagenan digambar menggunakan ChemDraw 12.0, dioptimasi dengan Chem3D Pro 12.0, lalu didocking ke protein G RSV-A (PDB ID: 6UVO) dengan AutoDock Vina 1.1.2 dan dianalisis menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2025. Hasil menunjukkan bahwa ukuran oligomer dan tingkat sulfasi meningkatkan afinitas pengikatan. Trimer kappa-karagenan tersulfasi memiliki afinitas tertinggi dengan energi –6,2 kcal/mol dan jarak interaksi terdekat 2,09 Å pada residu TRP183. Secara keseluruhan, trimer kappa-karagenan tersulfasi berpotensi menjadi kandidat antiviral alami terhadap protein G RSV-A dan dapat dilanjutkan ke uji in vitro maupun in vivo.