Analisis Metagenomik untuk Mengetahui Potensi Infeksi Virus pada Jaringan Usus sebagai Penyebab Radang Usus

Abstract

Penyakit radang usus, penyakit Crohn dan kolitis ulserativa, adalah gangguan yang hingga saat ini kurang dipahami dan menyerang bagian saluran usus. Model saat ini untuk memprediksikan penyebab penyakit menunjukkan bahwa pasien yang rentan secara genetik mengembangkan intoleransi terhadap mikroflora usus, dan peradangan kronis berkembang sebagai akibat dari faktor lingkungan. Umumnya studi berfokus pada varian genetik dan flora bakteri usus, namun sedikit yang diketahui tentang potensi infeksi virus sebagai penyebab timbulnya penyakit ini. Oleh karena itu, studi ini melakukan analisis metagenomik untuk mendokumentasikan virome baseline pada sampel biopsi usus pasien penderita inflammatory bowel diseases (IBD) untuk menilai kontribusi infeksi virus terhadap IBD. Pustaka berisi data RNA usus yang dirancang dalam 2 GB urutan basis data. Menggunakan jalur bioinformatik yang dirancang untuk mendeteksi sekuens virus, lebih dari 1000 virus terdeteksi langsung pada jaringan usus tanpa prosedur kultur atau isolasi. Studi ini menggambarkan kompleksitas dan kelimpahan virus, bakteri, dan bakteriofag, serta sekuens retroviral endogen manusia dari 10 pasien penderita IBD dan 5 subjek sehat yang menjalani pengawasan kolonoskopi. Perbedaan mikroflora usus dan kelimpahan virus mamalia serta retrovirus endogen manusia mudah terdeteksi dalam analisis metagenomik. Secara khusus, pasien dengan sekuens herpesviridae di usus besar mereka menunjukkan peningkatan ekspresi sekuens virus endogen manusia dan perbedaan dalam keragaman mikrobioma pada usus mereka. Studi ini menawarkan pendekatan metagenomik yang menjanjikan untuk menggambarkan mikrobioma pada usus yang dapat digunakan untuk memahami lebih jauh interaksi host-virus dan fag-bakteri pada IBD.