Kloning dan Karakterisasi Gen Pengkode Enzim Termostabil dari Sampel Alam Kawah Domas

Abstract

Pada Tugas akhir ini telah dilakukan penelitian mengenai enzim termostabil dengan pendekatan metagenom dari sampel alam Kawah Domas. Tujuan dari penelitian ini adalah mendapatkan informasi mengenai urutan asam amino dan menentukan homologi urutan asam amino enzim termostabil dari sampel alam Kawah Domas. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah PCR dengan pendekatan metagenom, dimana DNA yang sebelumnya telah diisolasi dari sampel alam kemudian diamplifikasi menggunakan PCR. Amplikon DNA yang dihasilkan berukuran sekitar 1000 bp. Amplikon disambungkan dengan plasmid pJET1.2/blunt yang memiliki ukuran sekitar 3000bp dan membentuk plasmid rekombinan, sebelum akhirnya ditransformasikan ke sel E.coli TOP10. Proses transformasi dilakukan dengan menggunakan larutan CaCl2 dan metode heat shock. Pengecekan ukuran sampel DNA untuk memastikan adanya DNA sisipan atau insert dilakukan dengan analisis gel agarosa. DNA plasmid yang diindikasikan memiliki insert kemudian diisolasi, dianalisis menggunakan enzim restriksi BamH1 dan EcoR1. Hasil analisis dari kedua enzim tersebut menunjukan adanya pita terang pada ukuran sekitar 4000 bp. Selain itu dilakukan pula sequencing dan analisis homologi urutan DNA. Analisis homologi menunjukkan adanya kemiripan sampel dengan protein ABC Transporter permease dengan presentase identik sekitar 76-96%.